La iglesia católica de San Francisco se encuentra en el centro de La Serena. La iglesia es la estructura de finales del siglo XVI.

En 1563, en La Serena establecieron los monjes franciscanos. Christopher Fray Juan Torrealba Ravaneda construido en este lugar una capilla de adobe. A principios de 1585 Fray Francisco Medina y Juan Francisco Román Carbury comenzamos la construcción del edificio de la iglesia actual de la piedra caliza en estilo renacentista italiano. El espesor de las paredes del edificio llegó a 1, 20 m. La construcción fue difícil y costoso, ya que la piedra caliza traída de Penyulas Alto y de bosques Oval. Iglesia de San Francisco fue la primera iglesia de piedra de La Serena y fue consagrada el día de Navidad de 1627 en el nombre de Nuestra Señora de la Buena Esperanza.

En el siglo XVII la ciudad de La Serena ha sufrido una serie de ataques de los corsarios. Durante la invasión de la ciudad de los piratas liderados por el inglés Bartolomé Sharpe en 1680, se destruyó la mayor parte de la ciudad, además de la Iglesia de San Francisco. Un terremoto en 1730 el edificio de la iglesia casi no sufrió daños, excepto por el techo, la renovación de la que se completó sólo en 1755. En 1735 la iglesia se abrió un monasterio y un colegio para la formación de los monjes. Trabajó hasta el próximo terremoto devastador de 1796, en el que parte de la torre se derrumbó, dejando el edificio de la iglesia y el monasterio no son adecuados para el servicio. En 1823, los franciscanos fueron expulsados ​​y sus bienes confiscados.

En la primera mitad del siglo XIX, en relación con el descubrimiento de la minería del cobre en el monasterio comenzó a trabajar Mint Coquimbo, pero este proyecto fue de corta duración. En 1840 se utilizó la estructura del monasterio como un cuartel militar. Durante los combates en el sitio de La Serena en 1851, la torre de la iglesia sufrió graves daños. En 1858 el edificio fue nuevamente restaurado monjes franciscanos.

En 1878, la iglesia ha sufrido varias modificaciones: se demolieron varias plantas, la iglesia comenzó a ser compuesto por tres naves separadas por arcadas, la fachada fue cambiado, había tres entradas balanceadas en el estilo neo-renacentista. La iglesia reformada fue inaugurado 01 de octubre 1899.

En 1913, la torre y el estuco fachada de la iglesia fue nuevamente destruida durante el terremoto. En 1923 se construyó una nueva torre de la iglesia, esta vez de hormigón armado. En 1975, después de un fuerte terremoto, debido a la muy malas condiciones del edificio tuvo que cerrar la iglesia. En 1977 se abrió la mitad delantera de la iglesia para los fieles en el resto del edificio continuó siendo llevado a cabo trabajos de restauración en la restauración de la parte superior original de la torre, las paredes y techos, que existió hasta mediados del siglo XIX. En la sacristía se abrió un museo de arte religioso y la placa de la iglesia.

Iglesia de San Francisco, ha sido declarado Monumento Nacional de Chile en 1977.