Universidad de Zagreb es el más antiguo no sólo en Croacia, sino también en el sudeste de Europa. La fecha de su fundación oficial se considera 23 de septiembre 1669, cuando el emperador romano y el rey húngaro-croata Leopoldo I emitió una ley que reconoce los privilegios y el estado de las instituciones educativas universitarias de la antigua Academia de los jesuitas, que operaban en el territorio de una ciudad real libre de Zagreb, la antigua capital del Reino de Croacia y Eslavonia. Esta fecha es el comienzo de la historia de la Universidad de Zagreb en su lucha por la aplicación de los derechos recibidos y obtener un lugar digno entre la autoridad y representante de las universidades y academias de Europa Central.

Historia de la Universidad de Zagreb en su forma moderna comienza con el obispo dzhyakovskogo iniciativa y mecenas prominente del croata Josip Juraj Strossmayer, cuando en 1861 propuso organizar la universidad cuatro facultades: médicos, teológicos, filosóficos y jurídicos. La propuesta fue examinada por varios años, y en 1874 el Parlamento croata aprobó la iniciativa y emitió un decreto "Sobre la universidad." En el mismo año de la universidad cambió su nombre y se conocía como la universidad moderna en Zagreb.

Desde 1990 la Universidad ha recibido una mayor autonomía, al mismo tiempo, comenzó la adhesión al proceso de Bolonia.