Una antigua leyenda cuenta que en 1364 noble lituano llamado Goshtautas invitado a 14 frailes franciscanos y les dio casa para que pudieran establecerse en el país. Cuando Goshtautasa izquierda, todos los monjes fueron asesinados. Algún tiempo después, el noble Invitar monjes franciscanos. Nuevos monjes se establecieron en otro lugar, y el lugar de los monjes asesinados, él construyó una iglesia, nombrado en honor de la Santa Cruz.

En 1524 la iglesia se quemó. En 1635 en este lugar se establecieron los sacerdotes Bonifratrzy. Comenzaron su trabajo con, construyeron una nueva iglesia de la Santa Cruz, fundada cerca del monasterio del mismo nombre y se abrió en el hospital monasterio. Más tarde, el hospital se convirtió en un refugio para los enfermos mentales. Iglesia Católica Goshtautasa fue asignado por el recinto del monasterio. El hospital psiquiátrico operado aquí hasta 1903, cuando se trasladó al nuevo edificio construido específicamente para el hospital psiquiátrico.

En 1737 la iglesia fue incendiada de nuevo. En 1748 la iglesia fue renovado, el interior ha sido completamente reparado, seis altares fueron construidos e instalados Departamento Kost'ol'na fue construido en el estilo barroco. Sólo decorada fachada barroca y el edificio del monasterio. Aunque después de la restauración del exterior del edificio y había elementos del rococó. Dentro del templo se alza majestuosa sobre los amplios arcos cruciformes habitaciones de piedra. Interesante combinación de elementos arquitectónicos del barroco, rococó y neo-rococó.

En el templo hay una fuente, que es considerada milagrosa. Las leyendas dicen que la fuente apareció repentinamente cerca de la estatua de la Inmaculada Concepción. Este es el lugar donde los monjes fueron torturados franciscanos asesinados. Dicen que es especialmente beneficioso agua de esta fuente en los pacientes que sufren de enfermedades de los ojos.

En la iglesia también hay una cruz milagrosa, que se monta sobre el altar mayor. Por debajo de la cruz es una imagen de la Santísima Virgen María con el Niño. Presumiblemente, la imagen pintada en el siglo 17, pero a ciencia cierta se desconoce el origen de la pintura. También se encuentra entre las creaciones milagrosas. Una copia de la pintura milagrosa de la Virgen María con el Niño, en forma de frescos se puede ver en la fachada principal de la iglesia. Es en virtud de un frontón arqueado, construido en 1737 entre las dos torres laterales de la iglesia.

Entre 1914 y 1924 en la iglesia celebró un servicio especial para los estudiantes de las escuelas de Lituania. En un momento en Vilna fue ocupada por Polonia, no se llevaron a cabo en el servicio del templo en el Bonifratr 1843 Orden lituana yazyke.V fue abolida, y en el lugar del monasterio sólo quedaba su representación. En 1909 la iglesia fue reparado de nuevo. Al final de la Primera Guerra Mundial, en 1924, el obispo Jurgis Matulaitis Bonifratr invitó a regresar al monasterio de la Santa Cruz. El retorno de los monjes en el monasterio fue muy oportuna. Se repararon la iglesia, erigiendo seis altares allí. También llevaron a cabo en el monasterio un refugio para las personas mayores y el comedor de beneficencia para los "Caritas" necesitados.

Al comienzo de la Segunda Guerra Mundial, los hermanos de Vilna se retiraron Bonifratrzy Orden. En 1947, el monasterio resguardado por las hermanas de la congregación "de la Inmaculada Concepción de la Santísima Virgen María." Sin embargo, están dominados por una vida corta. Autoridades soviéticas se cerraron en 1949 y el monasterio y la iglesia. Los edificios del monasterio se encuentran apartamentos residenciales.

En 1976, el templo fue restaurado y arreglado en ella la sala de conciertos de la Filarmónica de Vilnius, la llamada "Sala Pequeña del Barroco". Hubo conciertos de música de órgano.

Vilnius Arzobispado de regresar a sus casas sólo después del cambio de régimen en 1990. Los edificios del templo y monasterio fueron restaurados y se transfieren a las monjas recién consagrados de las Hermanas de la Congregación "Inmaculada Concepción de la Santísima Virgen María."