En la historia de Japón fue un momento en que los gobernantes favorecieron la expansión del cristianismo, y períodos en los que trajo de la doctrina en el extranjero resultó en desgracia, y sus seguidores fueron perseguidos. En los siglos XV y XVI, el cristianismo se extendió rápidamente en las islas del archipiélago, pero al final del siglo XVI fue prohibido, y el pueblo de Japón practicaba en secreto. Los residentes de Nagasaki se vieron obligados cada año para demostrar que no son cristianos. Para ello se ofrecieron a burlarse de la imagen de Jesucristo y Madre de Dios, y este ritual, tuvieron que pasar hasta mediados del siglo XIX. En general, el cristianismo fue prohibido en Japón hasta en dos siglos y medio, durante este tiempo fueron ejecutados, torturados y deportados de miles de personas que profesan la religión.

05 de febrero 1597 en Nagasaki fueron ejecutados públicamente para la obra misionera de 26 personas, entre las cuales 20 eran japoneses, cuatro españoles, así como México y la India. Por orden del shogun entonces reinante Toyotomi Hideyoshi arrestado cristianos fueron torturados, a continuación, poner en Nagasaki y fue crucificado en la cruz erigida en una colina Nisidzaka. Después de la ejecución de las víctimas se convirtió en mártires como santos leen y reconocen diferentes pasatiempos. Cien años después de la canonización en 1962 en una colina abrieron un monumento y museo. 06 de febrero La Iglesia Católica en Japón celebra su memoria.

El museo contiene documentos históricos importantes traídas de Europa y compuestas en Japón, obras de arte antiguas del cristianismo primitivo en Japón. Anexo cronológicamente familiarizar a los visitantes con el período del cristianismo primitivo, a veces persecución de los cristianos y la vida de los católicos secretas en el período del estado de autoaislamiento.

En la actualidad, el cristianismo es la tercera de las principales religiones en Japón tras el budismo y el sintoísmo. A principios del Siglo XXI, había alrededor de 2, 5 millones de cristianos, en su mayoría católicos.