Inicialmente, el sitio del palacio de Ajuda era una estructura de madera construida para la familia real, que decidió venir a vivir aquí después del terremoto de 1755. Este edificio también fue llamado "Royal choza" o "Palacio de madera." Un incendio destruyó en 1795, y en su lugar se construyó un palacio de piedra.

El edificio comenzó a ser construido por el arquitecto Manuel Sita de Souza, que estaba previsto hacerlo a finales del barroco - rococó. Un poco más tarde, la construcción continuó arquitectos José da Costa y Francisco Xavier Fabri, pero el edificio ha sido construido en estilo neoclásico. La construcción continuó hasta 1807 y no se terminó. El palacio fue capturado por las tropas de Napoleón y la familia real se vio obligado a abandonar Portugal y refugiarse en Brasil. Construcción procedió lentamente, a veces se detuvo, cambió el aspecto del palacio en vista del hecho de que en cada etapa de la construcción fue otro arquitecto. En 1826 el palacio volvió a ser una residencia real. En 1910 el palacio fue cerrado después de la proclamación de la República y ha abierto como museo en 1968.

El museo alberga una magnífica colección de obras de arte de los siglos XV y terminando siglo XX. Habitaciones del palacio están decoradas con muebles de estilo Luis XV, tapices y estatuas. En el palacio de una gran cantidad de artículos extravagantes de arte decorativo. Tal abundancia de lujo fue el resultado de riqueza sin precedentes en el siglo XVIII, cuando por primera vez en Brasil se descubrieron diamantes. El impresionante jardín de invierno, salón de baile, el Embajador de habitaciones, así como banquetes y Salón del Trono.

Hasta ahora, el Palacio es utilizado por el Gobierno de Portugal para las ceremonias oficiales.