Iglesia de San Sebastián se encuentra en una colina, cerca del mercado de pescado, en la parte norte de la antigua ciudad de Lagos. Desde esta ubicación ofrece unas impresionantes vistas panorámicas de la bahía. La iglesia es considerada una de las iglesias más antiguas y hermosas de la ciudad.

Incluso antes de que la iglesia fue construida en este lugar en 1325 era una capilla de la Inmaculada Concepción de la Santísima Virgen María. En 1463, el obispo João de Mello ha hecho que en este lugar se construyó una iglesia. En 1490, por orden del rey de Portugal, Don João II, fuimos de nuevo a cabo los trabajos de reconstrucción, y la iglesia fue ampliada. Después de eso, la iglesia fue consagrada como la Iglesia de San Sebastián (Iglesia de San Sebastián). Lamentablemente, como ha sucedido con muchos edificios históricos en Portugal, la iglesia fue prácticamente destruida durante el terremoto de Lisboa en 1755. La iglesia fue restaurada, y dos siglos más tarde, la iglesia fue destruida de nuevo por un terremoto que se produjo en 1969. Con el tiempo, la iglesia fue nuevamente restaurado.

Dentro de la iglesia de tres naves separadas por columnas dóricas. El altar mayor original de la iglesia se remonta al siglo XVI. Altar consta de cuatro paneles. Se espera que estos paneles crearon uno de los artistas más famosos del Algarve en el siglo XVI Alvaro Dias. La iglesia mantiene el plan antiguo de la ciudad. En 1828, la iglesia tiene una torre con una campana.

En 1924, la iglesia de San Sebastián ha sido catalogado como un monumento de importancia nacional.