Zoológico y el Museo de la Naturaleza en Split fueron donadas a la ciudad debido a comienzos del siglo XX, varias colecciones naturales valiosos. Profesor Umberto Dzhirometta en 1923 planteó la cuestión de la creación del Museo de Historia Natural. El consejo de la ciudad de Split, tomó el asunto a la revisión y en 1924 fundó el primer museo y Dzhirometta se convirtió en su líder hasta su muerte en 1939.

En los primeros años de su existencia, el museo se encuentra en uno de los edificios municipales en el centro de la ciudad. Pronto, el espacio no era suficiente, y el museo se trasladó a uno de los edificios del parque Marjan. Junto con el museo abierto un pequeño zoológico, en representación de algunas especies de animales autóctonos y exóticos. Por primera en la antigua Yugoslavia acuario al lado del edificio del museo fue construido espacio adicional. Varios años más tarde, el Oceanario fue cerrado y convertido en una pequeña jaula. Hoy en Split zoológico cuenta con más de 300 especies de animales.

El edificio en el parque Marjan en las hostilidades en 1991 se cerró por razones de seguridad. Entonces, el museo se trasladó a la Gripe fortaleza, y después de 1997 regresó a Marian. Después de 2000, a petición de los empleados a las necesidades del Museo se ha asignado un nuevo espacio, con una superficie total de unos 1.156 metros cuadrados, en la que el museo comenzó a trabajar en enero de 2002.

Antes de la apertura del nuevo director del museo fue reorganizado colecciones de museos y contó varias exposiciones nuevas (por ejemplo, la recogida de animales y pájaros disecados, el departamento de geología y paleontología, entomología, Departamento de vertebrados e invertebrados, etc.). También se llevaron a cabo trabajos sobre el tratamiento y la sistematización de las exposiciones, el trabajo de campo en la parte central de Dalmacia, numerosas exposiciones en el museo y fuera de ella. Además, el personal del museo participó en numerosas conferencias científicas.

En la planta baja del museo alberga una gran variedad de exposiciones, y en los otros pisos albergará la exposición permanente. Cualquiera puede comprar los materiales adicionales museo sobre la historia del museo y la historia natural local.