El edificio, que alberga el Museo de Arte Religioso, fue construido entre 1537 y 1538 un año de la fundación del palacio de Inca Roca, a una cuadra de la Plaza de Armas de Cusco.

Durante la época del Imperio Inca (quechua Tahuantinsuyo - la más grande nación india en América del Sur siglos XI-XVI) en este lugar fue el Palacio de Inca Roca, donde vivió Khatun Rumiyok gobernante y su familia, y se encuentra en la Hermandad indio de Panaca. Ahora se puede ver en el centro de la pared de piedra del bloque poligonal edificio del museo - la famosa piedra de los doce ángulos, que se utilizó en la construcción de sus instalaciones Indios Incas.

Este palacio real vivió el primer obispo de Perú Fray Vicente de Valverde, su diócesis se extendía desde Nicaragua hasta Tierra del Fuego, y desde el Pacífico hasta el Atlántico. Luego pasó a ser propiedad de la Costa y Pablo Gallineto, marqués de San Juan Buena Vista, cuyos restos están enterrados en la cripta de la iglesia de Santo Domingo de Cuzco. Más tarde, el edificio pasó a ser propiedad de la familia y la Contreras Kharaba, toldos Rokafuerte que eran mecenas de artistas locales. En 1948, Monseñor Felipe Santiago Hermosa y Sarmiento, el primer arzobispo de Cuzco, compró el palacio a expensas de la diócesis. En 1957, después de la reconstrucción, el edificio se convirtió en el Palacio del Arzobispado del Cusco, Monseñor Carlos María Jurgens.

En 1966, el Arzobispo de Cusco, Monseñor Ricardo Durand Flores dando los primeros pasos para transformar el palacio en un museo de arte religioso, que fue inaugurado en 1969 con el apoyo de don José Orihuela Yabara. "Fondo de José Orihuela Yabara" pasó a ser propiedad de la colección del museo de 169 pinturas y marfil crucifijo, los muebles y las imágenes de alto valor artístico. También se entregó un altar barroco dorado, que fue instalado en la capilla del Palacio Arzobispal.

La colección del museo se compone principalmente de pinturas de arte religiosas de Cusco School. También puede estimar la arquitectura clásica de la época colonial del edificio, caminar a través de su patio rodeado de arcadas y decorado con mosaicos traídos de Sevilla. En el museo se pueden ver las obras de Juan Marcos Zapata y otros pintores de la época colonial, así como pinturas de la artista local Diego Quispe Tito. Hay que tomar el tiempo para inspeccionar la capilla, decorada en diferentes estilos, y los salones del palacio con un alfombrado increíble.