El monasterio fue fundado inferior Maura Dias en 1280 para las monjas klarissok. El monasterio no duró mucho tiempo, y en 1311 dejó de existir. En 1316 la esposa del rey Dinis I, la reina Isabel de Portugal, el monasterio restaurado.

Reina Isabel de Portugal también llamada "Reina Santa" debido a su piedad excepcional y justicia. La reina también famosos por su buen carácter se basa hospitales, orfanatos y escuelas. Tras la muerte de su marido, el rey Dinis, se retiró al monasterio. Y en 1336 la reina murió y fue enterrado en el monasterio en la tumba, decorada en el estilo gótico. En 1626, la reina Isabel fue canonizada por su caridad y las buenas obras.

El primer arquitecto del monasterio era Domingos Domingues, conocido por su trabajo en las galerías del monasterio de Alcobaça. Continuó el trabajo de este arquitecto Estevao Domingues, que era famoso por su trabajo en la galería de la catedral en Lisboa. En 1330 la consagración del templo, y más tarde a la parte sur de la iglesia se construyó un monasterio. El monasterio está muy a menudo presenta donaciones y regalos en efectivo. A principios del siglo XVI, la iglesia estaba decorada con azulejos sevillanos y los nuevos altares instalados.

Desde el monasterio y la iglesia fueron construidas en la margen izquierda del río Mondego, a continuación, un año más tarde el edificio se inundó en los bancos de las aguas del río. Y durante siglos el monasterio inundado muchas veces. Debido a las frecuentes inundaciones en el monasterio no era posible ser, y el rey Juan IV ordenó abandonar el edificio y pasar a un nuevo monasterio - Monasterio de Santa Clara-a-Nova, construido en una colina no lejos del antiguo edificio. La tumba con restos de la reina Isabel y otras personas reales fueron trasladados al nuevo edificio.

Con el tiempo, el antiguo monasterio en ruinas. En 1910 el edificio fue catalogado como un monumento de importancia nacional, y algunas obras de reconstrucción se llevó a cabo en la primera mitad del siglo XX.