En 1546 se fundó la ciudad de Arica en un lugar llamado El Chenchorro. Cincuenta años más tarde, la ciudad fue devastada por un terremoto y el tsunami, lo que obligó a los residentes a mudarse de sus casas en el puerto bajo la protección de Cabo Morro, en el lugar donde se encuentra ahora.

El actual edificio de la Catedral de Arica fue construido sobre las ruinas del segundo templo de la ciudad, que fue construido en 1640. Después de 200 años de servicio, esta iglesia también fue destruida por un terremoto en 1868. Sólo conserva escalones de piedra. El proyecto del nuevo edificio de la iglesia fue ordenada por el presidente peruano José Balta en el estudio francés Gustave Eiffel, y fue pensado originalmente para el balneario de Ancón. Pero en 1875 se decidió construir en Arica. Un año más tarde, se llevó a cabo en el templo de la primera misa.

Durante la Guerra del Pacífico (1879-1883) comenzó a pertenecer a la ciudad de Arica, en Chile. Pero hasta la llegada del siglo XX, Arica se mantuvo bajo el liderazgo de la Diócesis de Arequipa, de acuerdo con el decreto de la Ciudad del Vaticano. En 1910, el alcalde de la ciudad de Arica, Máximo Lira, decretó la expulsión del sacerdote peruano y su asistente del país. Fueron reemplazados por los capellanes militares chilenos.

En 1911 la iglesia fue unida a la diócesis de Tarapacá (ahora - la Diócesis de Iquique). Y en 1959 fue trasladado al rango de Catedral. Con la bendición del Papa Juan Pablo II en 1986, que fue fundada por la Diócesis de Arica al centro de la ciudad en la Catedral de San Marcos de Arica.

La iglesia es relativamente pequeño, de estilo gótico. El diseño de la iglesia está hecha de metales - vigas, columnas, conectadas por arcos de medio punto, a excepción de dos puertas de madera. La torre del templo se eleva hacia el cielo, dando a la belleza y la grandeza del edificio, que se ve reforzada por el paisaje circundante: la Plaza de Colón, Cabo Morro de Arica, el puerto, el puerto y el mar sin límites.

En 1984 la construcción de la Catedral declarado monumento nacional de Chile. Y en el 2002 - el monumento histórico de Arica.